De Stichting Pieter Zeeman-Fonds is voortgekomen uit de ontdekking van het archief van de natuurkundige en Nobelprijswinnaar Pieter Zeeman in het najaar van 1989. Dit verloren gewaande archief bevond zich in het woonhuis van Zeeman aan de Stadhouderskade in Amsterdam, waar het aan het licht kwam na het overlijden van Zeemans zoon Jan, die daar als enige telg van Pieter nog woonde. Erfgenaam van Jan was zijn zuster Annie, die het aanzienlijke bedrag van de erfenis doneerde aan de eind 1990 door haar opgerichte Stichting Pieter Zeeman-Fonds.
Doelstelling van de stichting is het bevorderen van de beoefening van de wetenschapsgeschiedenis in Nederland in het algemeen, en de geschiedenis van de natuurkunde in Nederland in de tweede helft van de negentiende eeuw en de eerste helft van de twintigste eeuw in het bijzonder. Sinds haar oprichting heeft de stichting tal van activiteiten ontplooid of gesteund. Een greep: een videoproductie over de ontdekking van het Zeeman effect, de (gedeeltelijke) financiering van enkele promotieplaatsen, het instellen van twee bijzondere leerstoelen, structurele subsidies aan o.a. het Museum Boerhaave, het Einstein Papers Project, de bibliotheek van de Faculteit WNI van de Universiteit van Amsterdam, en eenmalige subsidies aan een reeks van aanvragers. Bovendien heeft de stichting de ontsluiting en inventarisatie van het Zeeman Archief bekostigd. Het archief is ondergebracht in het Noord-Hollands Archief in Haarlem en kan daar vrij worden geraadpleegd.
De Stichting beheert ook twee prijzen: de “Gouden Pieter”, een jaarlijkse prijs van € 500 voor het beste profielwerkstuk natuurwetenschap aan de Pontes Pieter Zeeman school in Zierikzee (opvolger van de H.B.S. waar Zeeman zijn opleiding kreeg) en de Pieter Zeeman Scriptieprijs, een tweejaarlijkse prijs van € 2500 voor de beste natuurkundescriptie aan de Universiteit van Amsterdam. De prijzen zijn voor het eerst uitgereikt in 2004.